Sau quá trình tu học, ông được truyền chức linh mục ngày 25[7] (hoặc 26[4]) tháng 7 năm 1954, là một linh mục Dòng Tên. Nghi lễ truyền chức được cử hành bởi Giám mục Henri-Charles Dupont, Giám mục phụ tá Tổng giáo phận Lille, Pháp.[7]

Từ năm 1956 đến năm 1968, ông học và tốt nghiệp văn bằng cử nhân Kinh Thánh tại Học viện Giáo hoàng về Kinh Thánh, Rôma. Sau đó, ông tiếp tục học tại Học viện và tốt nghiệp Tiến sĩ Kinh Thánh năm 1963.[6]

Ông là giáo sư tại học viện Dòng Tên tại Chantilly từ năm 1959 đến 1962.[6] Kể từ năm 1963, linh mục Vanhoye làm giáo sư tại Học viện Giáo hoàng về Kinh Thánh tại Rome và trở thành Trưởng khoa Kinh Thánh trong giai đoạn từ năm 1969 đến năm 1975. Chín năm sau khi kết thúc vai trò Trưởng khoa, ông được chọn làm Hiệu trưởng Học viện này năm 1984 và giữ chức danh này cho đến năm 1990. Ngoài sự nghiệp giảng dạy tại Học viện Giáo hoàng về Kinh Thánh, ông còn giảng dạy tại Đại học Giáo hoàng Gregorian và Đại học Giáo hoàng Lateranô. Linh mục Vanhoye cũng xuất bản các tác phẩm của mình được viết bằng nhiều ngôn ngữ khác nhau.[4]

Linh mục Vanhoye là thành viên của Ủy ban chuẩn bị Tông hiến Sapientia Christiana và đảm nhận chức Tổng Thư ký của Ủy ban Kinh thánh Giáo hoàng sau khi kết thúc vai trò Hiệu trưởng Học viện Giáo hoàng Kinh Thánh, từ năm 1990 đến năm 2001.[1][4]

Ông cũng là chuyên gia tư vấn của Hội đồng Giáo hoàng về Thúc đẩy Đoàn kết Kitô giáo trong giai đoạn từ năm 1980 đến năm 1996. Tư vấn cho Thánh bộ Giáo dục Công giáo từ năm 1976 và Bộ Giáo lý Đức tin từ năm 1990.[6]